تم إنشاء المديرية ومجلسها الأعلى في عام 1962 عندما وُضع أوّل قانون للتنظيم المُدني في لبنان، وقد أوكل إليها إعداد الأحكام المتعلّقة بالتنظيم المدني. وُضع هذا القانون حينذاك إستجابةً لإرادة فؤاد شهاب، الذي كان قد كلّف مؤسسة فرنسية لتضع «الخطة الشاملة للإنماء»، في إطار وزارة التصميم العام التي كانت قائمة منذ العام 1955. على مدى سنوات، لم تكن وزارة التصميم قادرة على وضع هذه الخطة، فأراد فؤاد شهاب إنشاء مجلسٍ ضمن المديرية يتضمّن الكفاءات من خارج الإدارة، أي من غير الموظّفين. أُلغيت وزارة التصميم في العام 1977، وبعد الاجتياح الاسرائيلي سعت الحكومة إلى عملية إعادة بناء سريعة، فأصدرت قانوناً جديداً جرى على أساسه تعديل في هيكليّة المجلس الأعلى. فما لبث مع الوقت أن تحوّل إلى جهاز كبير – في غياب الوزارة – وتحوّل عمله إلى أداةٍ للأقوياء وأصبح مجالاً مركزياً لعمل الأحزاب الطائفية والمستثمرين العقاريين.